盐酸托莫西胶囊的常见副作用是容易引起呕吐、嗜睡以及易怒，甚至会出现头晕头痛等症状。在胃肠道这方面容易出现呕吐、消化不良以及恶心、便秘，上腹部出现疼痛消化不良等症状，还有可能出现感染，例如流感局部的感染，对于呼吸道疾病可能会出现咳嗽等不良反应，甚至是瞳孔扩大、血压升高、厌食等情况。