长期喝低聚果糖的危害是会导致身体出现腹泻的状况。这种药物属于水溶性的膳食纤维，能够缓解便秘，药物在进入胃肠道后，如果不能被人体充分的吸收，会导致消化不良，从而出现腹泻腹痛的情况，长期服用的话，还会导致产生依赖性，从而使自主排便的意识降低，如果有便秘的情况，平时可以多吃些新鲜的水果。