甜菜根的副作用是会导致身体出现腹泻的情况，甜菜根的属性比较偏凉，过量的食用会增加身体寒气，从而造成胃肠的不良反应，比如恶心呕吐。甜菜根在储存的过程中，有可能会发生霉变或者腐烂，这种情况最好不要食用，有可能会导致食物中毒，而且患有糖尿病的人最好不要吃甜菜根，会使体内血糖升高，不利于血糖的控制，对身体的健康造成危害。