番茄红素本身具有抗炎、保护心脑血管、保护皮肤和增强免疫力的作用，单纯从毒理试验中也并没有发现有不可逆的损伤作用，长期使用有可能会出现皮肤色素沉着，一过性肝肾功能损伤，但是停止使用后可自动恢复。同时，长期使用有可能会导致正面作用减弱，出现依赖性，或其他营养素的吸收减少等。