香菜根煮水的副作用是有可能会导致身体上火，出现口舌生疮以及咽喉肿痛的现象。香菜根里面的挥发油含量特别多，过量的饮用有可能会造成胃火旺盛，出现口臭的症状，同时香菜根中含有致敏物，过敏体质的人在服用后有可能会出现皮肤红肿瘙痒，对身体的健康不利，而且大量食用还会损伤身体元气。