早起嘴苦臭有咖啡色分泌物有可能是出现了上火或者是出现消化不良之后引起的，可以口服消炎和牛黄清胃丸药物来进行改善，每天早上起来之后可以使用淡盐水进行漱口。必要时可以到口腔科进行检查，明确诊断之后，根据医生所提供的药物或者是方案来进行改善，在服用药物期间要以清淡的食物为主。