单纯常规量的椰子油并没有明显的副作用，有少部分人可能会有过敏现象，轻症表现为皮疹、喷嚏、哮喘等，重症可能会出现过敏性休克，重症的就极罕见了。如果长期大量使用需要注意其本身的脂肪酸含量比较高，有可能会干扰正常的脂类代谢，加重肝脏的负担。另外它也有轻度升高尿酸的作用，有痛风病史需要慎用。