低聚木糖作为一种食品添加剂以及营养保健品使用，基本上没有什么明显的不良反应。低聚木糖可以促进肠道内益生菌的繁殖，从而调节肠道正常菌群，改善便秘或者腹泻的症状。低聚木糖对于血脂代谢有一定的调理效果，同时也可以调理血压。患者有腹泻，头晕、皮肤上起黄色瘤的症状，可以服用低聚木糖进行调理。