低聚果糖可能会出现消化不良的副作用，低聚果糖在进入人体后不能够直接被消化和吸收，只能被胃肠道内的细菌吸收。如果长期的服用低聚果糖，人体会对药物产生依赖性，从而使自主排便的意识减少，同时脾胃虚弱的人最好减少使用的量，以免造成腹泻以及腹痛的症状，在使用药物时要遵医嘱。