如果长期服用益生菌是会有副作用的。适量服用益生菌，对于便秘或腹泻会有很好的缓解效果，但是长期服用则会破坏肠道的正常消化功能，打破原有的平衡，使自身的消化功能紊乱。影响身体健康，所以一定要在合适的范围内服用，否则会给身体造成太多的困扰。根据情况选择，不能过度服用。