莲花清瘟颗粒副作用通常不大，有些患者可能会出现轻微的胃肠道反应，如胃寒、腹泻等，也有部分患者可能会出现皮肤过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹等。其中含有炙麻黄，有一定的兴奋作用，高血压以及失眠患者应尽量避免服用。另外其中还含有藿香，会对运动员会有一定的影响，也应尽量避免服用。