黄连素和复方黄连素的区别主要是：黄连素主要是用来治疗肠道系统疾病的，可以用来治疗上火所引起的牙龈肿痛，心烦意燥，失眠多梦，恶心呕吐等症状。复方黄连素则是用来清除内热和理气止痛的药物，可以用来治疗大肠内所产生的湿热现象以及肛门周围所形成的烧灼感等现象，还可有效的治疗肠炎。