香砂六君子丸常见的副作用是恶心、腹胀等不舒服感，因为是属于中成药，所以副作用比较少，若是吃了一段时间之后，效果并不是很明显，说明不对症，需要调整用药，这种情况应检查病因，针对治疗，在医生指导下进行用药。而香砂六君丸主要治疗大便溏泄、食少腹胀、消化不良所引起的症状。