复方黄连素通常可以起到理气止痛的药物，同时也可以起到清除内热的功效，如果出现大肠内湿热的现象，通常可以使用复方黄连素进行调理，也可以起到治疗肠炎的作用。而黄连素一般是用于治疗肠道系统疾病的，通常可以治疗牙龈肿痛或者失眠多梦的症状，另外对于恶心呕吐和心烦意乱也可以起到改善的作用。所以复方黄连素和黄连素是有区别的。