菠萝蛋白酶是不可以长期服用的，因为所有的药物都有一定的毒副作用，长期服用可能会损伤胃部黏膜，还可能会导致免疫系统变弱。建议在医生的指导下定时定量服用，一旦病情恢复应该立即停用，以免对身体造成影响。建议日常生活中多吃新鲜的水果和蔬菜，适当的进行身体锻炼，增加身体抵抗力。