子宫内膜异位囊肿治疗的方式可以通过药物治疗，也可以选择手术治疗。这需要根据患者的年龄、病变的部位和范围，以及患者的临床症状和患者的生育要求等情况全面的考虑。病变很轻，没有什么症状或是症状很小，这种情况可以过一段时间随访一次。如果有症状，不是很严重，首先做药物治疗，效果不好或是囊肿过大，都需要考虑手术治疗。