补过的牙三年后疼可能是之前补牙的时候，医生没有切断神经组织，而发生了炎症导致，或者是医生在根管部位填充的不当所引起的。如果疼痛的症状不太明显，可以口服消炎药物或者通过口服布洛芬会有一定的缓解作用。如果疼痛的症状比较明显，可以到大型的医美机构或者是正规口腔科医院，通过专业医生在补牙的部位做根管治疗，才能够缓解疼痛的现象。