肺部感染真菌不容易完全消除肺部真菌，可以用抗真菌药物静脉滴注，也可以口服药物，还有气道药物灌洗治疗等，多种治疗方法综合应用，平时需要增强免疫力。中西医结合治疗可以起到互补作用，中药调理可以减轻西药的毒副作用，在止咳化痰方面有优势；如果长期应用广谱抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂、化疗或放疗后等可能容易引起肺部真菌感染，平时应该避免这些诱因。