支气管镜检查后副作用可能会出现反酸、口苦等不良反应。轻微的不良反应过段时间后是可以自行消失的；如果不良反应是比较严重的，可以在医生指导下服用保护粘膜的药物来做治疗。通过支气管检查后若确认支气管存在有异常，需要及时配合医生做治疗，早治疗疾病也可以得到较好的恢复。