引起半夜咳嗽的原因很多，首先要考虑是呼吸系统感染造成的，半夜的时候呼吸系统分泌物不能自行咳出，刺激到粘膜就会引起咳嗽。其次要考虑是鼻腔逆流引起的，睡觉的时候鼻腔分泌物逆流入气管，也会刺激引起咳嗽。但是也不能排除其他原因，建议到公立医院检查确诊。