肠镜是没有副作用的，副作用是指的药物在治疗疾病以外引起的其他的作用。肠镜检查是一种检查项目，并不是药物治疗疾病，所以不会出现副作用。但是肠镜检查会出现其他的不良反应，比如有可能会导致肛门结肠粘膜受损，因为结肠镜在进入肠道的时候在肠道里面活动，就有可能会对黏膜产生损伤。