复合乳酸菌多久一个疗程是要根据患者的自身情况来决定的。复合乳酸菌具有治疗腹泻的作用，而且还可以抑制肠道细菌能够用于治疗肠道菌群失调所导致的慢性或者是急性腹泻。当患者需要注意的是，在使用抗生素的时候最好不要吃复合乳酸菌，如果同时吃效果可能会没有。