霉菌性食管炎是不能自愈的。霉菌性食管炎就是因为感染了真菌而引起的食管炎症性疾病，会导致患者出现反复的反酸和胸骨后烧灼样疼痛感。如果不及时治疗，病情反复发作有可能引起慢性炎症，时间久了影响吞咽功能。确定诊断后一定要遵医嘱给予针对性的药物进行系统的抗真菌治疗，促进康复。