超声胃镜检查是否痛苦主要取决于个人的身体情况。在做超生倍镜检查时，可以在局部起用麻药，但是相对来讲这种疼痛情况还是可以忍受的，但部分患者可能会有不适感觉，并且超声胃镜的纤维相对来讲比较软，可以在很大程度上减轻痛苦的感觉。并且一旦发现有外部病变现象，也可以直接将其切除。