应该可以做肠镜检查。一般在做肠镜前需要进行灌肠肠将肠道清洗干净，需要听从医生指导服用一些药物，但是药物对身体刺激不大，如果没有特别不良反应不会对婴儿的哺乳。只是在做肠镜检查的时候会有一些不舒服感觉，也要积极配合医生检查来诊断肠道粘膜损伤情况，对症服用消炎药物治疗。