肠道水疗的副作用，可能会由于压力过大或者是过小，冲洗时间过长、过短后有可能会导致肠道菌群失调的几率增高。因此当时有肠道不舒服的情况下，最好是经医生进行诊断后先给予药物进行治疗，必要的时候给予肠镜进行检查，明确诊断也是比较好的，也不要经常地做肠道水疗。