胃镜管子一般是干净的，正规医院用的胃镜管子都是实行一人一消毒的措施的，且消毒的过程是比较严格的，在消毒期间也会有专门的人员进行监控，因此患者可以放心使用。做胃镜检查，一般是是把管子从咽喉处伸到胃部，在这期间管子是会沾上很多分泌物的，因此当管子取出的时候会沾满很多胃液。