食管镜与胃镜一般胃镜的痛苦会比较小些，胃镜是有无痛胃镜的，无痛胃镜是在局部麻醉的情况下进行的，因此产生的痛苦感较小。但不管是食管镜还是胃镜，在检查的过程中都需要从嘴巴进入，且大部分患者在检查的过程中都会出现恶心、呕吐等不适反应，但这种不适反应多数是比较轻微的。