主要区别是检查疾病和检查部位不一样，肛肠镜主要针对肛门直肠系统疾病进行检查，而肠镜主要是指结肠镜检查来检查结肠部位的疾病。使用结肠镜检查的时候要经过严格肠道准备才能进行，而肛肠镜在检查的时候比较简单，一般在肛门部位灌肠处理就可以，通过扩张器械进入到肛门下检查。