跑完步两边太阳胀痛可能跑步时运动幅度较大，引起血液流速加快，血管扩张，从而刺激到脑神经，导致太阳穴胀痛现象的发生。也可能是跑完步后引起脑供血不足，出现短暂缺氧的现象，从而导致太阳穴胀痛。另外在跑步时可能会导致身体大量出汗，头部在受到风寒影响时，从而引起太阳穴胀痛的情况。