做肠镜检查的危害主要包括：1、如果操作不当，有可能导致肠穿孔、肠出血。2、在做肠镜的检查过程中，会因为刺激而导致患者出现恶心呕吐，腹痛的症状。不过，肠镜检查已经是一种比较成熟的内镜检查，只要在检查的过程中充分配合并且操作得当，一般不会引起严重的不良后果。