男人的小肚子隐隐作痛，有可能有肠道疾病有关，也有可能与泌尿生殖系统的疾病有关。如果小肚子隐隐作痛，但是没有腹泻和呕吐等消化道症状，则考虑可能与男性的前列腺增生或者是前列腺炎等疾病有关。患者可以到医院去做前列腺液化验及前列腺超声检查等，明确诊断。