菌群失调肠炎可以选择益生菌类药物治疗，比如说乳酸菌素或者是双歧杆菌，在用药之后可以调节肠道的菌群失调，也可以配合消炎药物综合处理，消除肠道当中的炎症。药物应该听从医生指导，可以选择合适剂量和疗程，不可以擅自选择。口服药物之后还应该做好饮食结构的调整，选择容易消化的食物。