拉肚子两个月拉黄色的水有可能是有慢性肠炎，这种情况是可以做肠镜检查的，不过做结肠镜之前要先灌肠把肠道里面的粪便都排泄干净，以防止检查的时候对结肠境产生影响，影响视野。只要把肠道排泄干净了，就可以做结肠镜检查。无论是黄色的粪便还是普通的粪便，只要怀疑肠道有病变，就可以做结肠镜检查。