中药灌肠一般治疗消化道或者妇科的疾病、腹部及盆腔的炎症，如盆腔炎、结肠炎的治疗。同时也是消化道疾病引起的胃肠动力不足导致的大便干结，排出不畅就是肠梗阻的主要治疗手段。在慢性肾功能衰竭后期，病人出现毒素排出困难、皮肤瘙痒等症状，缓解通过中药灌肠也有一定疗效。还有小儿发热惊厥，口服药困难时，也可以考虑中药灌肠退热。