一般没有太大的副作用，但是要根据个人的依从性和耐受性确定，再进行检查完之后会出现一些并发症，比如在做胃镜时嗓子拼命的恶心呕吐，引起了咽喉部不适症状，而且还会导致贲门粘膜撕裂。有些患者还会引起胃黏膜和肌肉松弛，增加了胃食管反流的发病几率，所以在做胃镜检查的时候，一年尽量不要超过两次。