很可能使肠道内的细菌随着滴入的液体进入肠道的深处造成污染。另外使用一些抗生素的药物，可能杀灭肠道的有益菌群，造成体内菌群失调，严重的还会损伤肠道，若使用灌肠的方法治疗拉肚子，一旦出现过敏是非常难处理的。宝宝使用灌肠可以直接将药物灌入肠道，起到快速降温的作用，并且方便操作，作用较快，能够减轻宝宝的疼痛。