可能会引起瘘管形成和腹腔囊肿以及肠梗阻，还会伴随着急性穿孔，肠梗阻一般分为重度狭窄以及纤维化肠梗阻狭窄，伴随着病情不断增加，克洛恩疾病发展到后期会引起穿孔以及狭窄，并发症主要是受到狭窄所引起。狭窄一般分为轻度狭窄和重度狭窄，可能还会伴随着大面积便血以及吸收不良综合征等并发症。