三个月婴儿拉肚子有可能会自愈。但具体还是要根据孩子拉肚子的原因和拉肚子是否严重综合性判断，如果是由于受凉所以起的拉肚子，可以适当的喝一些温开水，做好保暖工作真的会逐渐得到缓解。但如果是由于其他情况引起拉肚子的现象，需要服用一些药物缓解症状，家长要重视孩子拉肚子的情况。