区别是发病原因不同，而且采取的治疗方法也是不相同的细菌性，肠胃炎通常是细菌感染所造成的，但病毒性肠胃炎通常是病毒感染所引发，但是临床症状是比较相似的，可能会引起腹部疼痛，而且还有可能会伴有恶心以及呕吐的症状，另外也有可能会引起腹泻。若是细菌感染导致的，可以配合医生采取抗菌的药物进行治疗，如果是病毒感染所引发的，则需要采取抗病毒的药物治疗。