这两种药物一般没有明显的区别，但是消食健脾丸比较着重于健胃，能够用来治疗小儿脾胃不健所造成的乳汁停止或者是胃腹胀满，同时还可以调理食欲不振以及面黄肌瘦的症状。而健胃消食丸着重于开胃，可以用来调理脾胃虚弱以及食少便溏，同时还可以对消化不良以及脘腹胀满进行改善。