婴儿蛋白不耐受主要表现为大便颜色以及大便次数的改变，并且有可能会导致患者出现生长发育的异常，表现为体重减轻并且有烦躁哭闹，部分患者还可能会反复地出现感染性疾病。患者蛋白质不耐受，以后有可能会影响营养物质的消化以及吸收，导致患者机体的免疫力下降，因此会出现感染性疾病。