通常是有一些伤害的，在做无痛手术时，已经进行了表面麻醉，并且在探头上已经涂抹了润滑胶浆，是可以减少痛苦的，同时也尽可能减少对机体的刺激和影响。在检查的过程中可能会出现难受的现象，还可能伴随着损伤肠道粘膜，以水肿或者炎症情况发生，可能会引起肠穿孔的风险。对镇静药物过敏的患者，不可以做无痛胃肠镜。