做无痛胃镜副作用并不大，它是一种微创检查，一般是在麻醉作用下将胃镜通过口腔注入胃内，从而有利于观察胃内是否存在着糜烂，充血，肿块等的情况，然后如果有异常的情况需要取病理进行做活检的。极少数的情况下，可能是会导致胃部粘膜受损严重而引起胃穿孔的发生。