两个月宝宝消化不良可以给宝宝吃调节肠道菌群的药物，包括双歧杆菌，蜡样芽孢杆菌等。还可以给宝宝吃调节肠胃的药物。如果因为宝宝厌奶引起的消化不良，宝妈要调整自己不良的喂养习惯，宝宝就可以自愈。两个月的宝宝肠胃功能发育不完全，消化吸收的功能也不完善，容易出现消化不良的症状。