灌肠的药物可能会影响肠道菌群时，肠道菌群受到破坏，因为肠道属于人体的消化器官，通过人为方式将外界的东西放入肠道当中有一定的影响，而且人为操作过程当中如果操作方法不当，可能还会引起肠粘膜。长期进行观察治疗，还可能会给肠道带来负担，影响肠道的正常功能，所以尽量不要采取灌肠方法。