大多数并不是很痛。检查过程中可能会导致肠道黏膜受到刺激，可能会使患者的腹部有坠胀和不适症状，通常可以承受，避免过分担心和焦虑，患者的耐受力较差时，还可以通过无痛肠镜检查，检查前大多数会使用麻醉药物，患者在睡眠状态下进行检查，并不会引起不适症状。肠镜检查能够明确患者是否存在有炎症或是息肉以及肿瘤疾病。