经医生规范的做肠镜检查，一般没有什么副作用的情况发生，少部分的情况下也可能会导致有肠粘膜损伤、出血、穿孔的意外情况。因此在做肠镜前，一般医生会评估身体的健康状况，并且也要及时的给予术前一天灌肠，有利于保证肠道内没有粪便等代谢物质，从而帮助镜子的顺利通过，减少检查后并发症的发生。