如果选择在三甲医院做小肠镜，费用一般就是在两千元到三千元之间。如果选择到普通医院做小肠镜，可能费用会比三甲医院更低一些。不同的地区、不同的医院在小肠镜收费这方面所制定的标准都会略有不同，而且小肠镜分为无痛以及普通两种类型，收费标准也会有所不同，因此还是要以实际的收费标准为主。