一般不可以在消化不良期间到医院注射预防针，有可能会影响到消化功能，还可能会引起自身出现不良反应，对于药物吸收和发挥也可能会有所不利。消化不良最好在医生指导下口服调理肠胃药物来治疗，等到病情完全治愈后再到医院注射预防针，注射之前如果存在有特殊情况，要及时和医生明确出来。